Colóquios e Seminários

23 de março de 2016

Journal club: “Observing an emergence of the arrow of time in a quantum system”

JC-_loguinhoIrreversibility is one of the most intriguing concepts in physics. While microscopic physical laws are perfectly reversible, macroscopic average behavior (and our daily experience) has a preferred direction of time. How can irreversibility be a consequence of reversible laws, especially Schrödinger’s equation?

According to Thermodynamics, entropy of the Universe never decreases. Although this is a powerful argument in some cases, it can be generalized to stronger statements about the behaviour of systems away from equilibrium. At this point, a connection is made with Information Theory, where there is also a concept with the name ‘entropy’, with a wider meaning.

The discussion is applied to a recent experiment with Nuclear Magnetic Resonance, in which the spin 1/2 of an atomic nucles is used as a thermodynamics system. We analyse the concepts of entropy production and irreversibility in this microscopic system in a completely quantum context.

Reference: Batalhão et. al., “Irreversibility and the Arrow of Time in a Quenched Quantum System”, Physical Review Letters 115, 190601.

22 de março de 2016

Filosofísica: “Ciência e religião na história: o papel de Galileu na aceitação do heliocentrismo”

Filosofisica_-_LogoA forma como a ciência e a religião agem através da história, e a forma como elas se relacionam é um tema recorrente nos materiais de divulgação científica, em aulas, em filmes e até mesmo em nossas conversas cotidianas. Essa história aparece, com alguma frequência, em um formato típico de uma novela televisiva, na qual existe um herói carismático e bondoso com o qual qualquer um consegue se identificar e um vilão sub-humano cujo único objetivo é opor-se ao herói. A disposição dos papéis irá variar de acordo com quem conta a história, mas a ciência é costumeiramente colocada no papel de herói.

Essa visão tende a ser sedutora e costuma ser aceita de maneira relativamente acrítica por muitos, possivelmente por estes acreditarem de antemão que este é o papel real de ambos os campos de conhecimento e, portanto, que é perfeitamente natural que a história retrate fielmente o caráter destes personagens.
Mas de onde esta visão surgiu? Existe algo na nossa percepção natural da ciência e da religião que nos faça esperar que elas sejam antagonistas? Nós aprendemos isso de forma simples através do que a história tem a nos dizer? Desde quando essa visão é tão popular?
Neste seminário será abordada a gênese histórica de tal visão, e utilizaremos a crítica fornecida pela historiografia moderna como uma maneira de rever o caso Galileu e avaliar a sua importância no estabelecimento do heliocentrismo.

15 de março de 2016

Astro-Cosmo-Particle Journal Club: “Observation of Gravitational Waves from a Binary Black Hole”

Astro-Cosmo-Particle_JC-_loguinhoNosso objetivo é reunir estudantes e cientistas interessados para discutir sobre temas relevantes na física de partículas, cosmologia e astrofísica de partículas. Todos estão convidados a participar nas reuniões, mas leia o artigo com antecedência, para que você possa acompanhar a discussão.

O artigo escolhido para próxima discussão pode ser acessado no endereço eletrônico 

http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.116.061102

10 de março de 2016

Filosofísica: “Metodologia em entrelinhas”

Filosofisica_-_LogoProporemos aos presentes, nesse Filosofísica, o exercício analítico de tentar destacar os modelos de ciência subentendidos na fala de diversas figuras, políticos, pesquisadores e ativistas entrevistados no documentário “A Casa dos Números – Anatomia de uma Epidemia”(2009). Em um ponto em que a ciência entra em contato com outras instituições sociais, temos uma chance de testemunhar o que pessoas que participam desses diferentes âmbitos esperam dos produtos do trabalho de cientistas e tecnólogos. Numa discussão sobre a compreensão pública do papel social e político da ciência vou tentar defender que, em tópicos controversos e nos quais esse papel não seja completamente desprezível, a pergunta “Qual cientista/Algum cientista tem razão?” não pode ser esgotada em questões metodológicas. Entre uma visão e outra de ciência capturada do filme, vamos pensar também: Por que esse documentário choca tanto? Por que sentimo-nos enganados pela ciência diante da mera possibilidade de certas teses que o documentário levanta? Ele quebra com a Ciência ou com visões idealizadas de ciência? Ele alimenta movimentos anticientíficos? Ao final, o que esperamos de um exercício como esse, de tentar entender a forma como os outros enxergam a ciência, é que ele nos ajude a clarificar as nossas próprias concepções encobertas.”

9 de março de 2016

Colloquium diei: “Electric field cancellation on quartz by Rb adsorbate”

Colloquium_Diei-loguinhoWe investigate the (0001) surface of single crystal quartz with a submonolayer of Rb adsorbates. Using Rydberg atom electromagnetically induced transparency, we investigate the electric fields resulting from Rb adsorbed on the quartz surface, and measure the activation energy of the Rb adsorbates. We show that the adsorbed Rb induces a negative electron affinity (NEA) on the quartz surface. The NEA surface allows low energy electrons to bind to the surface and cancel the electric field from the Rb adsorbates. Our results are important for integrating Rydberg atoms into hybrid quantum systems and the fundamental study of atom-surface interactions, as well as applications for electrons bound to a 2D surface.

7 de março de 2016

Journal Club: “Quantum mechanics in Metric Space”

Density Functional Theory (DFT) has provide so far the most JC-_loguinhosuccesful tools for realistic calculations of the properties of complex quantum system. We investigate the fundamental problems related to DFT by developing new methods based on the role of metric spaces in quantum mechanics. In our previous works the metric properties of ground state wavefunction and desity were explored for the non-magnetic and magnetic quantum systems. Currently we are developing a new method for the investigation of the metric properties for the exchange functional by exploiting the special features of the exchange x-hole functional. A better understanding of this mapping is conducive to the possibility of improving the quality of the exchange-correlation functional currently used in DFT.

29 de fevereiro de 2016

Colloquium diei: “Saúde Humana e os Desafios dos Novos Medicamentos”

Colloquium_Diei-loguinhoA fantástica evolução da pesquisa e desenvolvimento de fármacos nas últimas décadas foi acompanhada de avanços científicos e tecnológicos significativos que levaram à descoberta de medicamentos com várias aplicações terapêuticas, contribuindo para a melhoria da qualidade e expectativa de vida da população mundial.

Apesar dos avanços alcançados, existem inúmeros desafios à frente. O emprego de métodos de Química Medicinal de planejamento de fármacos baseado na estrutura do receptor (SBDD, do inglês structure-based drug design) e do ligante (LBDD, do inglês ligand-based drug design) tem se tornado cada vez mais importante na identificação, planejamento e otimização de compostos com atividade biológica.

Uma abordagem crítica do uso de várias estratégias experimentais e computacionais será apresentada, com destaque para o planejamento de candidatos a novos fármacos para doenças tropicais negligenciadas e câncer.

23 de fevereiro de 2016

Filosofísica: “Discussão de experimentos que provaram a relatividade”

Filosofisica_-_LogoAfinal, como você explicaria a forma como a Ciência comprova suas teorias? Quais evidências experimentais, por exemplo, bateram o martelo a favor da relatividade geral como uma verdade científica? Quais foram fatos mais relevantes dados pela experiência aos estudiosos para que a Física tenha aceitado a relatividade geral como um fato? Estamos interessados em saber como vocês responderiam a essas perguntas. Em uma revisão histórica de certos experimentos, vamos conversar sobre o papel que normalmente se atribui a eles na conexão ente o real e o teórico.

22 de fevereiro de 2016

Seminários CIBFar: “Abordagens e estratégias na avaliação biológica de fármacos”

Seminarios-_logo_genericoAs doenças causadas por helmintos ocorrem principalmente nas camadas sociais pobres, sem condições adequadas de moradia, de trabalho, de educação, de serviços sanitários. Também conhecidas como “doenças da pobreza”, essas enfermidades acometem mais de 1 bilhão de pessoas no mundo e são responsáveis por milhões de mortes anualmente. Infelizmente, as opções terapêuticas são insuficientes, cujo cenário é agravado pelo descaso da indústria farmacêutica no desenvolvimento de novos medicamentos para a população de baixa renda. Em particular, considerada uma Doença Negligenciada, a esquistossomose é uma helmintíase de grande impacto social, sendo considerado um importante problema de Saúde Pública em mais de 70 países. De fato, esta doença, que tem como agentes etiológicos parasitas gênero Schistosoma, afeta mais de 200 milhões de pessoas em todo mundo e cerca de 10 milhões de brasileiros. Considerando que o praziquantel é o único fármaco disponível para o tratamento dessa doença, são preponderantes atividades de pesquisa e desenvolvimento científico e tecnológico visando o tratamento da esquistossomose e outras helmintíases. O seminário tem como objetivo apresentar os desafios para o desenvolvimento de fármacos contra helmintíases, usando a esquistossomose como modelo. As abordagens e estratégias usadas na avaliação biológica de potenciais fármacos também estão no escopo da apresentação.

22 de fevereiro de 2016

Colloquium diei: “Magnetos frustrados”

Colloquium_Diei-loguinhoMagnetos frustrados são materiais isolantes nos quais momentos magnéticos localizados, ou spins, possuem interações de troca competitivas que não podem ser todas satisfeitas simultaneamente. Apesar de sujeitos a muitos vínculos, sistemas frustrados apresentam uma grande degenerescência em seus estados fundamentais. Esse comportamento peculiar dá origem a estados da matéria muito interessantes como ordem magnética não colinear, vidros de spin e líquidos de spin. Neste colóquio discutiremos de forma introdutória esses estados exóticos e mostraremos como perturbações em sistema frustrados, especialmente desordem, têm um efeito profundo e dão origem a uma gama de efeitos físicos fascinantes e ainda largamente inexplorados.

15 de fevereiro de 2016

Colloquium diei: “Cosmology with the Planck satellite”

Colloquium_Diei-loguinhoSketched out in 1992, selected by ESA in 1996, and launched in 2009, the Planck satellite was shut off in 2013, after a measuring stage of the mission that collected over a trillion samples and exceeded all expectations. The Planck collaboration delivered a first set of cosmological data and results in March 21st 2013, and the full set in February 2015. Part of the data delivery is a “definitive” map of the anisotropies of the Cosmic Microwave Background (CMB), its angular power spectrum together with its full statistical characterisation, and the implications for cosmology. The 2015 delivery further includes pioneering polarisation maps, spectra, and their analyses.

The temperature anisotropy map displays minuscule variations as a function of the observing direction, of rms ~100microK,  of the fossil radiation around its mean temperature of 2.725K. Other maps reveal the CMB polarisation patterns. These anisotropies are the imprint of the primordial fluctuations which initiated the growth of the large scale structures of the Universe, as transformed by their evolution, in particular during the first 370 000 years. These anisotropies can then be confronted with theoretical expectations.

I will described the results we obtained  so far, both in terms of content of the universe and of characteristics of the primordial fluctuations which are found to match very well with expectations from an early inflationary phase in a Universe filled with cold dark matter and whose expansion recently started to accelerate.

2 de fevereiro de 2016

Seminário Especial: “Molecular mechanisms of tubulin heterogeneity”

Annemarie did her PhD work on the structural and fuctional characterization of mycobacterial Ser/Thr protein kinases sem-especialand phosphatases in the lab of P. Alzari at the Institut Pasteur (Paris; France). She then did a postdoc in the lab of A. Musacchio at the European Institute of Oncology in Milan (Italy) and later at the Max Planck Institute (Dortmund; Germany). At the time the Musacchio lab was a pioneering european lab of integrative biology where both structural and cell biology approaches were used in synergy to address major biological questions. This work was focused on the structural and functional study of a large kinetochore complex (RZZ) involved in chromosome segregation during mitosis and a critical constituent of metazoan kinetochores (KTs).

During the postdoc time in the Musacchio lab she developed independent interests on microtubules and cilia biology, and was awarded a 3-year grant to work on an independent project in the lab of C. Janke at the Institut Curie (Orsay; France). The goal of this project was to work towards understanding the molecular mechanisms and functions of tubulin heterogeneity. The C-terminal domain of tubulin is crucial for determining microtubule identities as it is a hub for both genetically encoded, and post-translationally added tubulin heterogeneity. In order to study how spatially and temporally controlled modification patterns determine the properties and the functional fate of microtubules, we have set out to develop a series of tubulin tools that will allow for a controlled and systematic study of a specific modification of tubulin: glycylation. Annemarie will present the latest results on heterologous expression of recombinant tubulin and functional characterization of a tubulin-modifying enzyme TTLL3.

1 de fevereiro de 2016

A behavioral analysis of cellular automata

Catalyzed by the emergence of modern sem-especialcomputers, cellular automata (CAs) became a full-fledged research domain in the eighties of the previous century. The relevant literature is of a dichotomous nature in the sense that studies either focus on the spatio-temporal dynamics that is evolved by CAs, while others merely use the CA paradigm to build a model for a given biological, natural or physical process. It goes without saying that a profound understanding of CA dynamics is a prerequisite for building realistic, identifiable CA-based models, though this is not straightforward due the fact that a CA is discrete in all its senses (state, time, space). In an attempt to quantify CA behavior in a meaningful and reproducible way, several so-called behavioral measures have been proposed during the last two decades. Here, we will show how Lyapunov exponents and Boolean derivatives can be used to get a complete picture of CA dynamics in the sense that they not only make it possible to unravel the nature of a given CA, but also allow for assessing the effect of changing model design parameters on the CA behavior, an understanding that is a prerequisite for CA-based models to become appreciated as a full-fledged modeling paradigm. Besides, it will be demonstrated that the scope of these measures is not limited to two-state CAs.

1 de fevereiro de 2016

A behavioral analysis of cellular automata

Catalyzed by the emergence of modern sem-especialcomputers, cellular automata (CAs) became a full-fledged research domain in the eighties of the previous century. The relevant literature is of a dichotomous nature in the sense that studies either focus on the spatio-temporal dynamics that is evolved by CAs, while others merely use the CA paradigm to build a model for a given biological, natural or physical process. It goes without saying that a profound understanding of CA dynamics is a prerequisite for building realistic, identifiable CA-based models, though this is not straightforward due the fact that a CA is discrete in all its senses (state, time, space). In an attempt to quantify CA behavior in a meaningful and reproducible way, several so-called behavioral measures have been proposed during the last two decades. Here, we will show how Lyapunov exponents and Boolean derivatives can be used to get a complete picture of CA dynamics in the sense that they not only make it possible to unravel the nature of a given CA, but also allow for assessing the effect of changing model design parameters on the CA behavior, an understanding that is a prerequisite for CA-based models to become appreciated as a full-fledged modeling paradigm. Besides, it will be demonstrated that the scope of these measures is not limited to two-state CAs.

15 de dezembro de 2015

Seminário do Grupo de Óptica: “Nanomateriais teranósticos: sistemas multifuncionais para aplicações”

Seminrios_GO-loguinhoNanomateriais multifuncionais que combinem funções terapêuticas e de diagnóstico em um único complexo nanoestruturado, chamados de “teranósticos”, têm se mostrado interessantes para diversas aplicações, principalmente no diagnóstico precoce e tratamento de doenças como câncer. A possibilidade de obter nanopartículas de ouro em uma grande variedade de tamanhos, formas e funcionalizações permite o controle das suas propriedades e tem aberto novas possibilidades para aplicações no diagnóstico e tratamento de doenças. Estas partículas podem ser projetadas para converter eficientemente luz em calor e eliminar seletivamente células malignas em um conceito chamado fototerapia. Neste trabalho, nanopartículas teranósticas foram desenvolvidas por meio do encapsulamento de agentes quelantes de Gd(III) entre duas camadas nanoestruturadas de ouro. Mais especificamente, nanopartículas de ouro de aproximadamente 50 nm foram recobertas com uma camada intersticial de SiO2 dopada com quelantes de Gd(III) seguido de um recobrimento adicional com uma camada de ouro. Essas partículas, chamadas Gd-Nanomatryoshkas, apresentaram banda de ressonância plasmônica na região do infravermelho próximo, ideal para aplicações in vivo uma vez que essa região permite máxima penetração da radiação através dos tecidos. Ao mesmo tempo, Gd-Nanomatryoshkas exibiram elevada sensibilidade para aplicações como agentes de contraste em imagens de ressonância magnética devido ao acúmulo de íons de Gd(III) nas partículas, além de reduzir a potencial toxicidade associada aos íons Gd(III) prevenindo sua liberação in vivo por meio de uma camada de ouro protetora. Este novo sistema multifuncional pode permitir não só o diagnostico e tratamento de tumores sólidos, mas também o rastreamento das partículas in vivo, uma etapa essencial para melhorar a eficiência e segurança dos nanomateriais.

14 de dezembro de 2015

Seminário do Grupo de Óptica: “Optical Imaging Technologies for Clinical”

Seminrios_GO-loguinhoIn this seminar, we will provide an overview of our current efforts to develop optical instrumentation and computational methods for both pre-clinical and clinical applications. In particular, we will discuss two ongoing projects. The first project is focused on developing Fluorescence Lifetime Imaging (FLIM) endoscopes that could be used for oral cancer diagnosis. The second project is focused on combining FLIM with Optical Coherence Tomography (OCT) for intravascular imaging of coronary plaques to study mechanisms of coronary atherosclerosis development.

4 de dezembro de 2015

Colloquium diei: “Física de precisão com o lépton tau”

O tau é o lépton mais pesado: sua massa é cerca de 3500 Colloquium_Diei-loguinho-150vezes maior que a do elétron. Os decaimentos do tau podem ser calculados e medidos com grande precisão e constituem um excelente laboratório para diversos aspectos da física de partículas, tanto no contexto do modelo padrão, como além. Em especial, por ter massa suficiente para decair em hádrons, os decaimentos do tau são muito úteis em estudos de cromodinâmica quântica (QCD). Nesse colóquio vamos discutir a física de precisão que pode ser feita com esses decaimentos, com ênfase em aspectos da QCD, como a determinação precisa do acoplamento forte, alpha_s.

3 de dezembro de 2015

High energy physics seminars: “Internal structure of the B meson”

High_energy_physics_seminars-_loguinhoWe report on a two-flavor lattice QCD study of the axial, charge and matter distributions of the B meson and its first radial excitation. As our framework is the static limit of Heavy Quark Effective Theory, taking their Fourier transform gives access to several form factors at the kinematical point q^2=0. Moreover they provide some useful information on the nature of an excited state: either a radial excitation of a quark-antiquark bound state or a multihadron state.

30 de novembro de 2015

Seminário do Grupo de Óptica: “Efeitos da terapia fotodinâmica na descontaminação sanguínea”

A infecção na corrente sanguínea, também Seminrios_GO-loguinho-150conhecida como sepse, é um problema de saúde relacionado, principalmente, à dificuldade de detectar bactérias, identificá-las e tratar os pacientes com antibióticos adequados na fase inicial de infecção. É desencadeada por algum tipo de infecção grave que culmina na contaminação do sangue por bactérias. Estudos têm mostrado um aumento na incidência de sepse ao longo dos anos e isso se deve, sobretudo, ao aumento da resistência dos microrganismos aos antibióticos, uma vez que tais medicamentos são ainda utilizados erroneamente e vendidos de forma inadequada. Os principais objetivos deste estudo foram descontaminar o sangue utilizando a terapia fotodinâmica como técnica antimicrobiana e avaliar os efeitos dessa terapia sobre as células sanguíneas. O microrganismo alvo de inativação foi o Staphylococcus aureus, bactéria Gram-positiva, muito frequente em contaminação sanguínea. Foram analisados os efeitos isolados do FS Photogem® e da luz 630 nm, além do efeito fotodinâmico nas células sanguíneas. A avaliação das células sanguíneas foi realizada por meio de hemogramas e esfregaços sanguíneos corados com May Grünwald-Giemsa, analisados em microscopia óptica. Ensaios de hemólise foram executados para avaliar a porcentagem de hemólise em eritrócitos após cada tratamento. A sobrevivência de S. aureus foi avaliada por contagem das unidades formadoras de colônias (UFC/mL) em meio de cultura TSA. Os resultados mostraram normalidade nos eritrócitos, bem como nos glóbulos brancos, em todas as condições analisadas, uma vez que não foram observadas mudanças morfológicas nestas células. Os experimentos in vitro com S. aureus em co-cultura com sangue mostraram cerca de 90% de inativação do microrganismo. Em relação à hemólise, apenas os eritrócitos que receberam irradiação na presença do Photogem® (TFD) sofreram hemólise (< 20%) nas maiores concentrações do FS e maiores doses de luz. De acordo com os resultados, observou-se que o FS, na presença de sangue e microrganismo, apresentou maior afinidade pelas moléculas presentes no sangue do que pelo microrganismo, dificultando a inativação de S. aureus neste ambiente celular.