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6 de novembro de 2013

Efeito das flutuações térmicas locais na cinética do processo de folding de proteínas

O Físico Antônio Caliri, docente da Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto – USP foi o convidado de mais uma edição do programa Café com Física, realizado no dia 06 de novembro.

Atuando em temas que vão do folding de proteínas, proteínas virais, processos difusivos em sistemas biológicos e simulação numérica (Dinâmica Molecular e Monte Carlo), o palestrante dissertou sobre Efeito das flutuações térmicas locais na cinética do processo de folding de proteínas.

No decurso de sua apresentação, Caliri começou por abordar o primeiro estágio do processo de folding de proteínas, que corresponde a uma varredura do espaço de configurações da cadeia protéica, etapa essa que é governada, principalmente, pelo efeito hidrofóbico. IMG_1573Devido ao tamanho típico das proteínas globulares (10-9 – 10-8 m), as cadeias protéicas sofrem ressaltos sistemáticos devido às flutuações térmicas locais, influenciando o processo de busca pela conformação nativa.

Algo que é considerado curioso é que o fator de Tsallis pode ser obtido por meio de uma média do fator de Boltzmann (em relação a uma suposta distribuição qui-quadrado do inverso da temperatura 1/T) e assim, na simulação da evolução configuracional, o peso de Boltzmann, tradicionalmente utilizado no algoritmo de Metropolis, é substituído pelo peso de Tsallis, o que introduz um novo parâmetro no sistema.

Contudo,o palestrante enfatizou que o presente problema, especificamente, o parâmetro não-extensivo varia ao longo da simulação, dependendo da estado conformacional da cadeia. O palestrante mostrou que a eficiência na busca pela estrutura nativa é surpreendentemente eficaz, através de um modelo em rede cúbica, sendo que o valor médio obtido ao longo da simulação reflete a complexidade da estrutura nativa.

Assessoria de Comunicação

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Instituto de Física de São Carlos - IFSC Universidade de São Paulo - USP
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